千门虚舟秘境在荒海的右上角区域，且在水底的地下二层。想要解锁这个传送点的话，需要先完成神樱大祓任务，如果没有完成这个任务的话来到是无法进入荒海的地下二层的。神樱大祓在绀田村门口就可以接到，将绀田村部分的对话完成之后需要来到镇守之森附近。这里的任务完成之后会给一个任务道具留念镜，有了这个镜子之后就可以将荒海区域的谜题都解开了。

来到荒海位置之后，我们需要前往中心的井口里面。这个井口这里有一个雷元素机关柱子的解密，只有将所有的雷元素柱子都点亮才能打开机关。其中两个雷元素柱子是可以直接激活的，另外两个一个要完成雷方块儿解密，一个要击败遗迹重机。遗迹重机还好说，只要将眼睛和膝盖处的弱点打掉就好打。就是雷方块解密比较麻烦，这个需要找到规律。不过我们也可以用懒人方法，用瑶瑶召唤出月桂，让月桂进行随机攻击就有概率成功。将这里的机关解开之后我们就可以前往井下了。在井口内部有一个结界，我们要用留念镜照一下旁边的小狐狸，这个时候就会出现一个机关，将机关打开之后就可以顺利进入到荒海内部了。落地之后再次扫描前方的小狐狸，然后拿到小伙伴变身的雷种子，有了雷种子就可以进入被雷结界环绕的房间了。之后就是神樱大祓处的连线解密，解密完成后将流浪武士击败。再顺着路线往下走，将两个仙灵赶回仙灵座开启圆形大门，然后一直顺着路走就能来到千门虚舟秘境门口了。

这个秘境是隐藏在地下的，我们需要完成上方的踩石板解谜才能解锁机关。这个石板的规律是不能踩到相同的，只要完成两次就可以了。